小麦因降雨发芽发霉的损失弥补主体需根据具体情况判断，可能涉及农业保险赔付、政府救助或政策支持，若因第三方责任导致则由责任方承担。以下是具体分析：
参保情况：若农民为小麦投保了农业保险，在保险期间内因暴雨等自然灾害导致小麦发芽发霉遭受损失，保险公司应按照保险合同的约定进行赔付。农业保险通常会对因自然灾害、病虫害等原因造成的农作物损失提供经济补偿，以帮助农民减少损失，尽快恢复生产。
理赔流程：农民在发现小麦受损后，应及时向保险公司报案，并保护好现场。保险公司会派定损人员到现场进行查勘、定损，确定损失程度和赔偿金额。农民需按照保险公司的要求提供相关证明材料，如保险单、损失清单、气象证明等，以便顺利获得赔偿。
政府救助与政策支持
灾害救助：对于未投保农业保险或保险赔偿不足以弥补损失的农民，政府可能会根据灾害的严重程度和受灾范围，启动相应的灾害救助机制。这可能包括发放救灾资金、物资，提供临时生活救助等，以保障受灾农民的基本生活需求。
政策扶持：政府还可能出台一系列政策措施，帮助受灾农民恢复生产。例如，提供低息或无息贷款，用于购买种子、化肥、农药等生产资料；给予农业补贴，鼓励农民补种、改种其他农作物；提供技术指导和培训，提高农民的抗灾能力和生产技术水平。
第三方责任
责任认定：如果小麦发芽发霉是由于第三方的过错或违法行为导致的，例如附近企业的排污行为导致水质污染，进而影响小麦生长，或者他人的故意破坏等，那么受损农民可以要求第三方承担赔偿责任。在这种情况下，需要通过相关部门的调查和鉴定，确定第三方的责任。
赔偿途径：农民可以与第三方协商解决赔偿事宜，如果协商不成，可以通过法律途径，向法院提起诉讼，要求第三方赔偿损失。法院会根据事实和法律规定，判决第三方承担相应的赔偿责任。
