市政府秘书长的级别因城市行政级别而异。在地级市，其一般行政级别为正处级；在副省级城市高半级；在直辖市高一级。
按照相关规定，地级市以上的政府才会设置秘书长一职。在地级市，市政府领导班子通常由市长、常务副市长、若干副市长和市政府秘书长组成，市政府秘书长虽为正处级，但也是市政府党组成员，在市政府领导中排名末位，是政治排序第一的正处级。与市委秘书长相比，二者职务通常都是正处级，但市委秘书长一般兼任市委常委，级别为副厅级，排名比普通副市长靠前，所以市委秘书长级别高于市政府秘书长。市政府秘书长和市政府办公室主任虽都是正处级，但市政府秘书长排在前面，且通常秘书长会兼任政府办主任。
此外，市政府秘书长俗称市政府大管家，主要协助市长处理日常工作，分管市政府办公室（办公厅），协调各个副市长的工作，掌管市政府运转中枢，位置重要。不过，在具体工作方面实权不大，像教育、医疗等具体工作都由相应部门负责。但在影响力方面，因其是市长权力的延伸且能参与市政府核心决策，所以影响力不容小觑，有时不弱于普通副市长。在发展空间上，市政府秘书长是副厅级第一序列后备干部，若表现优秀，多数能晋升到副厅级，比如升任副市长、市委常委兼市委秘书长等，但提拔也受个人年龄、资历等多种因素影响。
