《潜伏》实际上一共只有30集，不存在1-40集的版本，完整全剧情介绍如下
1-5集为前期铺垫：抗战结束前夕，军统外勤余则成与上级吕宗方赴南京刺杀叛逃的李海丰，吕宗方遇刺身亡后，余则成单枪匹马完成任务，却得知吕宗方、自己的未婚妻左蓝都是中共地下党。看透国民党腐朽本质的余则成选择加入中共，受命潜伏在军统天津站，代号“峨眉峰”。因为个人登记信息为已婚，党组织调来女游击队长翠平，假扮余则成的妻子，毫无潜伏经验的翠平刚开始状况百出，让余则成时刻提心吊胆。
6-20集为中期斗争：国共开展军事调处，余则成将军统的监视名单交给左蓝，同时利用天津站内部马奎、陆桥山的争权矛盾，将“峨眉峰”的嫌疑嫁祸给马奎，最终借左蓝之手，用暴露的特务“佛龛”换回被捕的联络员秋掌柜。“佛龛”李涯回到天津站后设计测试余则成，最终左蓝在冲突中牺牲，翠平也理解了潜伏工作的残酷，和余则成逐渐形成默契。之后余则成与李涯联手斗走陆桥山，晋升为天津站副站长。
21-30集为后期收尾：李涯始终怀疑余则成，多次设计派人试探，都被余则成巧妙化解。内战末期，余则成在翠平协助下获取国民党天津城防核心情报，翠平在送情报途中意外遇险失联，余则成误认为她已经牺牲。天津解放前夕，余则成被国民党胁迫前往台湾继续潜伏，最终与存活下来的翠平隔海相望，各自继续坚守使命。
