《怪医黑杰克》不同篇章有着不同的大结局：
富豪身患奇美拉病症，生命已进入倒计时。他请来黑杰克，目的并非单纯治疗自己，而是希望在最后一次发病时，让黑杰克对自己进行解剖。富豪深知奇美拉病给众多患者带来痛苦，他期望通过解剖自己的身体，找到奇美拉病的病因，从而为其他患病的人带来生的希望。在发病时，富豪遭受着极大的痛苦，身体痛苦痉挛，即便注射了强效止痛剂，也丝毫无法缓解他的痛苦。这一结局充满了悲壮色彩，富豪以自己的生命为代价，试图为医学研究做出贡献，展现出一种无私奉献的精神。
一场恐怖的感染病在全球范围内蔓延，形势十分危急。黑杰克为了阻止病毒的进一步扩散，果断让怀特将飞机开往北极，试图在北极这个相对隔离的环境中控制住疫情。然而，军方却做出了一个极端决定，若黑杰克未能成功阻止病毒，将发射超高热能导弹，这无疑会给世界带来巨大的灾难。
在剧情发展中，黑杰克自己也不幸感染了风凰病。此时，莲花为报复黑杰克而来，与全满德展开了一场生死较量。在这场激烈的冲突中，莲花与全满德双双中弹倒地。黑杰克在关键时刻展现出了医者的仁心，他发现莲花还有一线生机，决定不顾自身安危去救她。在救治过程中，黑杰克发现莲花的人工心脏已经停止跳动，而且她身上的病毒是最原始的。与之相对的是，全满德身上的病毒是经过放射后进化的，这一发现或许为后续研究病毒的演变和治疗方法提供了重要线索。
