《731》与《黑太阳731》在残忍度、人性刻画、拍摄手法、主角视角及创作态度上存在显著差异。
1. 残忍度呈现《731》片长125分钟，仅含2分钟残忍画面，部分观众认为其未充分展现731部队的暴行，历史厚重感不足。而《黑太阳731》因真实呈现日军活体实验场景（如使用殡仪馆遗体拍摄、直接展示实验数据），在香港被列为“三级片”，其冲击力被称为“童年噩梦”，更直观地揭露了战争罪恶。
2. 人性挣扎的刻画《731》因加入日本艺妓和女军官情节引发争议，被质疑美化侵略者，且对人性挣扎的呈现较为模糊。《黑太阳731》则通过细节深化主题：日本绘画家称“马路大也是人”、少年队员石川目睹活体解剖后信念崩塌等情节，凸显了施暴者内心的矛盾与扭曲，强化了暴行的反人性本质。
3. 导演拍摄手法《731》的拍摄被批评为缺乏历史质感，色彩和画面控制存在廉价感，更接近网剧风格。《黑太阳731》采用纪录片式手法，通过长镜头、真实场景还原和直接的数据台词，使观众身临其境，代入感极强，进一步放大了恐怖氛围。
4. 主角视角差异《731》以姜武饰演的小人物王永章为主视角，但角色存在感过强，被吐槽“抢戏”。《黑太阳731》从日本少年班视角切入，展现731部队如何通过洗脑和训练将青少年异化为杀人工具，揭示了战争对人性的系统性摧残。
5. 创作态度与市场妥协《731》因技术提升和投资增加，在拍摄直白度上犹豫，导致既未彻底还原历史，也未完全突破尺度，被批评为创作妥协。《黑太阳731》则以“敢拍”著称，其直接和残酷的呈现方式成为经典，未因市场压力削弱批判力度。
