冤家夫妻金牌档的剧情跌宕起伏，每一集都充满了紧张和悬念。在第一集中，于子朗因照顾儿子与工作产生冲突，他利用上司罗有恒的手帐应对，两人在调查凶案时意见不合。同时，刑晶晶因为照顾孩子成为全职主妇，警方的活动彩排也引发了一些争端。D.I.E.团队在扫黄真人秀中误将刘一鼎视为嫌疑犯。在第二集，子朗和文龙对尸体的异常有所察觉，认为是人为而非自然现象。简致美医院事件后，他们在电表房发现死者遗体，而晶晶休假期间的不当行为导致她被禁止参与追捕。子朗和晶晶追踪线索，与司机展开追逐，逐步接近真相。第三集，晶晶回归重案组，与才生竞争调查。子朗发现调查方向错误，D.I.E.成员私下行动。拘捕黄棠的过程中，子朗的功劳被才生抢走。子晴进修期间，正义之心不减，佩佩教他如何追求理想。晶晶调回D.I.E.，她担心与子朗共事可能导致摩擦。随着剧情发展，第四集里，晶晶与D.I.E.合作，子朗担忧夫妻关系影响调查。有恒计划精英特训，柏芝加入，父女关系成为秘密。训练中发现的怪异事件和欢婆发现的猫骸骨揭示了村民被杀的可能。故事不断深入，第五集D.I.E.接手动物杀人案，子朗在毒品中看到异象，怀疑案件与毒品有关。有恒的调查无果，案件变得愈发复杂。接下来的几集，冤家夫妻面临更多挑战，包括外来访客、梦游杀人、恐吓信等复杂线索，以及亲友间的误会和冲突。剧集的高潮部分，包括子朗和晶晶的决裂、儿子的卷入、生死考验等，最终在激烈的冲突和解谜中，冤家夫妻重聚，D.I.E.团队团结一致，剧集以子朗儿子获救和团聚收尾，为观众留下了悬念和期待。
