朱军的父母均已去世。朱军父亲于1999年因脑溢血离世，当时朱军正在央视忙碌工作，得知消息后赶回兰州见了父亲最后一面。父亲走后，母亲身体迅速垮掉，一年后于2000年因癌症病逝。朱军曾在采访中提到，母亲去世当天他强忍悲痛主持中纪委晚会，台上的笑容与内心的撕裂形成巨大反差。据公开报道，朱军母亲在丈夫去世后被查出肺癌晚期，朱军竭尽所能陪在身边，帮她完成两个心愿，让她含笑而终。他曾在坟前跪了一天一夜，央视也曾劝他缺席当年春晚，但他仍坚持完成工作。朱军多次在节目和访谈中谈及“子欲养而亲不待”的遗憾。他主持21年春晚，却有21个除夕无法回家团圆。2018年春晚他首次缺席，只为兑现陪家人吃顿年夜饭的承诺——那顿饭，家人等了整整21年。
