名侦探柯南动漫中以下集数和系列为核心主线剧情：
1. 《云霄飞车杀人事件》（动画第1集，漫画第1卷）该集是整个故事的开端，高中生侦探工藤新一在调查案件时，目睹黑衣组织交易，被成员琴酒灌下APTX-4869毒药，身体缩小为小学生形态。为隐藏身份，他化名江户川柯南，寄住在毛利兰家中，并借助毛利小五郎的侦探身份暗中调查黑衣组织。这一事件直接开启了主线剧情，奠定了后续所有故事的基础。
2. 《黑衣组织十亿元抢劫事件》（动画第135集，漫画第2卷）灰原哀的姐姐宫野明美以“广田雅美”身份登场，她为帮助妹妹脱离组织，参与十亿元抢劫案。然而，任务完成后，她被琴酒杀害。这一事件成为灰原哀（宫野志保）逃出组织的直接导火索。灰原哀因反抗组织被囚禁，服下APTX-4869后身体缩小，逃出后被柯南收留，成为主线剧情的关键人物。
3. 《与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案》（动画第373~375集，漫画第42卷）该系列是主线剧情的第一次重大爆发。贝尔摩德（苦艾酒）伪装成新出医生潜入柯南身边，试图揭露其身份。赤井秀一以FBI身份登场，与贝尔摩德展开对决。最终，贝尔摩德放弃追杀雪莉（灰原哀），并暗中保护柯南。这一系列揭示了赤井秀一、贝尔摩德等重要角色的身份，推动了组织线的深入发展。
4. 《赤与黑的撞击》系列（动画第538～551集，漫画第56～59卷）该系列围绕水无怜奈（CIA卧底）的卧底身份展开。水无怜奈因任务暴露被组织抓回，FBI与柯南联手策划营救行动。过程中，赤井秀一被组织成员基安蒂射杀（实为假死计划），水无怜奈重新潜入组织。这一系列为后续赤井秀一“复活”为冲矢昴、安室透登场等剧情埋下伏笔，是组织线的重要转折点。
5. 《漆黑的特快列车》（动画第753～756集，漫画第78卷）波本（安室透）的真实身份在此系列中揭晓。他表面是私家侦探，实为黑衣组织成员，奉命追查雪莉下落。赤井秀一以冲矢昴身份登场，与安室透展开智斗。最终，贝尔摩德协助柯南保护灰原哀，安室透的身份被组织确认。这一系列进一步揭示了组织内部结构，并引入了朗姆候选人的悬念。
6. “17年前”系列（截至2025年8月22日更新到1229集）该系列围绕羽田浩司被杀案展开，涉及朗姆身份、赤井家卷入原因等关键剧情。羽田浩司是赤井务武的朋友，其死亡与APTX-4869研发者宫野厚司、艾莲娜夫妇的失踪存在关联。随着调查深入，朗姆的候选范围逐渐缩小，赤井家与组织的恩怨也进一步明朗化。这一系列是当前主线剧情的核心，持续推动故事发展。
其他说明：部分主线剧情可能分散在其他集数中，但上述系列和集数是核心主线内容，涵盖了黑衣组织的关键行动、角色身份揭露及重大事件转折。
