历史上吴三桂明确记载的儿子有两个，即长子吴应熊和次子吴应麒。
长子吴应熊：他是吴三桂与正妻张氏所生，顺治十年（公元1653年）与建宁公主成婚，留在京城实际上作为清廷的人质，以防吴三桂造反。吴应熊与建宁公主育有一子，名叫吴世霖。在吴三桂反清后，吴应熊和吴世霖都被康熙处死。
次子吴应麒：据史料记载，他在吴三桂反清过程中战死沙场，没有留下子嗣。
然而，除了这两个儿子外，吴三桂还有一些妾室生育的幼子。这些幼子在吴三桂死后被康熙皇帝从云南抓到京城，最后都被迫入宫做了太监。这是史料上明确记载的吴三桂的儿子情况。
但值得注意的是，根据历史学家的研究和一些地方的传说，吴三桂在反清前可能已经有了周密的准备，以确保自己的血脉能够延续。据说，在吴三桂觉得反清无望之际，他让手下大将马宝保护陈圆圆和其他幼子，将他们安置在云贵山区的一处与世隔绝的村庄。这一说法在马家寨得到了印证，那里的村民自称是吴三桂的后裔，并拿出了吴三桂的印章、画像等证据。如今，马家寨的吴三桂后裔已有1000多人，并且很多人已经迁出，粗略估计其后代人数已达3000多人。
综上所述，历史上吴三桂明确记载的儿子有两个，但根据一些传说和历史学家的研究，他可能还有其他后代在世。
