究极魔兽的隐藏形态主要包括究极魔兽X、超究极魔兽，此外原皮形态的隐藏设定及关联形态黑暗究极天使兽也与其隐藏设定相关，具体如下：
究极魔兽X是究极魔兽获得X抗体后的进化形态。其最显著的特征是头上显现“愤怒的冠冕”，这一形态使其力量随愤怒情绪的增强而提升，成为愤怒的化身。在设定中，究极魔兽X并未在动画中登场，但在漫画领域表现突出，曾参与合体进化为奥古杜兽X，展现了其强大的潜力与适应性。
超究极魔兽是魔神兽与阿卡迪兽融合后的超究极形态，这一形态的诞生标志着黑暗力量的巅峰。超究极魔兽拥有黑暗病毒，能够自由控制生物的感情，使其成为操控战局的恐怖存在。其实力登峰造极，在数码世界中几乎无敌，仅有究极V龙兽未来形态能够与之对抗，凸显了其超凡的战斗力。
原皮形态的隐藏设定则揭示了究极魔兽在脱掉斗篷后的真实面貌。这一形态下，究极魔兽展现出黑暗数码兽的强大实力，其实力水平达到皇家骑士团上游，进一步证明了其作为顶级黑暗数码兽的地位。
关联形态黑暗究极天使兽虽非究极魔兽的直接形态，但与其有着密切的联系。作为究极天使兽堕落后的中间阶段，黑暗究极天使兽的黄金羽翼和铠甲发生不详变化，象征着其从光明向黑暗的转变。若长时间保持这一形态，究极天使兽将彻底堕落为魔王型数码兽，即究极魔兽，这一设定揭示了究极魔兽的起源与堕落过程。
