潜流湿地和表流湿地的区别主要体现在水流方式、介质与植物根系接触情况、净化效率以及卫生条件等方面：
水流方式：
表流湿地：废水在填料表面漫流，与自然湿地最为接近，水位较浅。
潜流湿地：废水在填料表面下渗流，水流在湿地内部流动。
介质与植物根系接触情况：
表流湿地：水流经底部土壤层，并与植物的茎、根部接触，但接触不充分。
潜流湿地：水流在与基质和植物根系充分接触的同时被净化，作用位点多，微生物丰富。
净化效率：
表流湿地：负荷较小，净化效率相对较低。
潜流湿地：占地面积小，处理污水效率高。
卫生条件：
表流湿地：易孳生蚊蝇，散发臭气，卫生条件较差。
潜流湿地：避免了表面流湿地带来的蚊蝇、臭气等弊端，卫生条件较好。
