《孝庄秘史》结局为顺治帝重病去世，大玉儿辅佐玄烨登基并尽心辅佐新帝。 具体内容如下：
顺治帝的出家执念与最终放弃顺治帝因丧妻失子（董鄂妃与四阿哥离世）陷入极度痛苦，废黜娜木钟后位后，仍无法平复内心创伤。他痛恨帝王身份的束缚，执意前往清凉寺出家，甚至欲亲自剃度。方丈、大玉儿及皇室成员极力劝阻，但顺治去意已决。关键时刻，侍从小唐主动提出代其出家，顺治在大玉儿等人再次恳求下妥协，最终返回皇宫。
顺治帝的病逝与大玉儿的悲痛回宫后，顺治帝因思念董鄂妃过度，身体每况愈下，最终患上重病。尽管大玉儿悉心照料，顺治仍未能康复，不久后病逝。这一变故令大玉儿心力交瘁，她不仅要承受丧子之痛，还需强撑精神处理顺治的后事。
大玉儿对情感的反思与责任担当料理完顺治丧事后，大玉儿回顾一生，意识到自己生命中最重要的三个男人——皇太极、多尔衮、顺治，均因痴情而陷入悲剧。皇太极因海兰珠之死郁郁而终，多尔衮为与她相守放弃皇位，最终战死沙场，顺治则因董鄂妃的离世放弃帝位。这种对爱情的执着让大玉儿深感疲惫，但她深知自己肩负大清兴亡的重任，必须坚持下去。
玄烨登基与大玉儿的辅政之路为稳定朝局，大玉儿将三阿哥玄烨推上皇位（即康熙帝）。她以太后身份垂帘听政，尽心辅佐幼主。玄烨年幼聪慧，大玉儿凭借政治智慧与经验，为其扫清成长障碍，奠定清朝盛世的基础。这一决策既延续了爱新觉罗家族的统治，也展现了大玉儿作为政治家的远见与担当。
结局的深层意义《孝庄秘史》的结局通过顺治帝的悲剧与玄烨的继位，形成鲜明对比：前者因情感执念放弃责任，后者在祖母扶持下承担使命。大玉儿从“痴情者”转变为“守护者”，象征着个人情感与国家利益的冲突与调和。她的坚持与牺牲，最终成就了康熙盛世的开端，也为全剧画下苍凉而有力的句点。
