关于漫画原著与动画版之间的最大差异，源于歌曲“Elfen Lied”。这首歌曲是德文“妖精之歌”的意思，出自原著第5卷中由望美透露给妮悠。在2004年动画化决定时，原著对此歌曲的描述仍处于不确定状态，故动画版并未包含望美和“Elfen Lied”，仅保留了歌曲名称。替代的动画版片头曲“LILIUM”成为连接耕太和露西的物品，最终回中两人得以和解。动画版对“Elfen Lied”曲风与Hugo Wolf的不匹配，以及对研究所的结论和坂东的不活跃，引起原著支持者的不满。尽管动画版播出后争议不断，但总体评价正面，支持者希望继续动画制作。动画版对原著剧情进行了改编，如藏间室长的生死、露西的命运等，给观众留下了广阔的想象空间。动画版在细节上的周到考虑，赢得了国内外观众的赞赏。
动画版与原著的差异主要体现在对歌曲“Elfen Lied”的处理上，以及对原著剧情的改编。动画版为连接耕太和露西的“LILIUM”成为片头曲，对“Elfen Lied”曲风与Hugo Wolf的不匹配曾引起制作群的考虑。动画版中对研究所的处理以及坂东的角色发展，引起了原著粉丝的不满。尽管动画版在播出后存在争议，但整体评价正面，支持者希望动画能继续制作。动画版对原著剧情进行了改编，如藏间室长的生死、露西的命运等，为观众留下了许多想象空间。动画版在细节上的周到考虑，不仅在日本，也在海外赢得了广泛的肯定和赞赏。
《妖精的旋律》是日本漫画家冈本伦所创作的漫画，以及改编自漫画原著的动画作品。Elfen lied在德语里意思是妖精（Elf）的歌曲（Lied）。台湾长鸿出版社代理的漫画版将本作名称译为《变异体少女》。
