《谢谢你医生》大结局中三对有情人终成眷属，但男女主结局仍让人感到意难平，具体分析如下：
唐画曾坚决拒绝陈秩假扮男朋友，不想让他有幻想，但林芝指出唐画对陈秩的关心不再冷漠，唐画承认自己慢慢习惯了陈秩的关心，这表明她已不是反感陈秩，而是在抗拒内心对他的靠近，压抑感觉说明她已对陈秩产生好感。
陈秩第一次主刀手术后兴奋地告诉唐画，自己会在工作上更加努力，变得更有主见，让唐画看到全新的自己，唐画不服气地说“我等着”，且转过头去露出暗自得意的笑容，这暗示只要陈秩不断成长，唐画必然能接纳他，两人会终成眷属。
陆平安从一开始就特别关心姜杉，蒋先云去世后多次明里暗里表明心意，姜杉未明确答复。姜杉被患者家属打后，陆平安表白，姜杉说“你的心思，我都懂的，可……”，“可”字后面虽未说完，但能看出她因丈夫刚离开不久，还未从婚姻中缓过劲，没做好接纳新感情的准备，但这只是时间问题，她并不排斥陆平安。
陆平安腿受伤，姜杉坚持要去拿膏药，态度坚定地说“你给我坐那儿，不许动”，然后低头笑着出去，陆平安也会心地笑，这种心照不宣的态度和情感说明他们关系不一般。大结局大家向白术打招呼时，姜杉和陆平安站在一起，这是给观众的明确交待，暗示两人终成眷属。
肖砚原本已辞职打算离开，听到新闻后又赶回医院参与救治伤者。当白术最后一个被推进手术室，肖砚内心独白“我等你回来”，说明她已放弃离开念头。
最后一幕，所有人都跟白术打招呼，他直接走到肖砚身后叫她名字，肖砚回头问“你回来了？”，且她桌子上摆着白术的照片，这表明肖砚接受了白术，两人终成眷属。
