日本人和中国人都属于蒙古人种（黄种人），但属于不同族群分支。日本列岛原住民绳文人属于早期东南亚迁徙而来的人群，而现代日本人多数是绳文人与后期迁入的弥生人（源自朝鲜半岛及中国北方）的混血后裔。中国人主体源自汉藏语系族群，其中华北人群与弥生人存在部分共同祖先。区别主要体现在三方面：1. 语言文化：日语语系归属至今未明，而汉语属汉藏语系2. 遗传特征：日本人群特有的D2型Y染色体比例达34%-46%，中国汉族中几乎不存在3. 体质差异：日本人平均头型指数（头宽/头长）为84.8，属于中头型，中国华北人群为76.9偏长头型近年基因研究显示，日本本土约12%的基因成分源自绳文人，这与朝鲜半岛（5%以下）、中国（基本为0%）形成明显对比。现代观点更强调族群而非人种划分，毕竟中日人群基因差异远小于与非洲、欧洲人群的差异。东京大学2022年发布的东亚人群迁徙路线研究指出，中日韩三国共享约80%的遗传相似性。实际日常生活中，中日人群外貌差异更多受饮食结构（例如日本较高的海鲜摄入量影响骨骼发育）和生活习惯影响，而非本质性的种族差异。
