遗传学中的瓶颈效应与奠基者效应是两种影响群体基因多样性的机制。两者均涉及基因频率的改变，但其背后的动因和影响机制存在显著区别。瓶颈效应强调在环境巨变时，群体个体数量急剧减少。这一现象仿佛群体通过了一道“瓶颈”，仅由幸存个体的基因决定后代基因组。这种情况下，对物种基因组造成的影响是显著且持久的。相比之下，奠基者效应聚焦于少数祖先在与外界隔离的情况下独立繁衍。这群少数人代表的基因组成为后代基因池的起点。由于缺乏与其他群体的基因交流，后代间的基因差异较小。奠基者效应的基因频率受到祖先群体的随机影响，可能导致后代与原群体基因差异显著。简而言之，瓶颈效应强调极端环境压力下的基因频率骤变，而奠基者效应则关注于小群体隔离繁衍导致的基因多样性降低。两者均展示了环境与隔离在基因组演化中的关键角色，但作用方式和具体影响机制有所不同。
